Na konferenci DDPEO 2018 (www.ddpeo.cz) jste obdržel cenu za nejlepší přednášku. Čemu se věnujete? O čem jste hovořil?
Viac než šesť rokov sa venujem tvorbe výpočtového systému, nazvaného claire, na detekciu molekúl z hmotnostných spektier. Systém detekcie je koncepčne jednoduchý. Odmerá sa hmotnosť molekuly, tá sa fragmentuje na podčasti, ich hmotnosti sa namerajú a v závere je cieľom zistiť o akú molekulu sa jedná.
Problémom je, že hmotnostné spektrum zväčša neurčí práve jednu prípustnú molekulu, ale veľmi veľa (môže ísť aj o milióny molekúl). Nemusí to ale znamenať nevyhnutne problém—zistili sme, že v mnohých prípadoch je možné rozlíšiť molekuly na základe pravdepodobnosti ich existencie. Tá pre zmenu závisí napr. od evolúcie života na planéte, stability molekúl, či formy spracovania vzorku. Uvedené zistenie sa zároveň ukázalo kľúčovým pre náš účel—detekciu nepravdepodobných molekúl, konkrétne peptidov so zámenou jednej aminokyseliny. Tie sú oproti tzv. referenčným peptidom zhruba desať až milión krát menej pravdepodobné a je kľúčové zohľadniť pravdepodobnosť ich existencie v detekcii.
Náš výskum zároveň prezentoval viaceré aplikácie danej metódy. V medicíne, napr. v diagnostike nádorov, ich monitorovaniu či detekcii odmietnutia transplantovaného orgánu. Využitie je ale aj mimo medicínu, napr. pri identifikácií osôb na základe proteínov, či pre zvýšenie reprodukovateľnosti výskumu overovaním pôvodu vzorky. Naviac, s kolegami v Stanforde sme zistili, že uvedená metóda je aplikovateľná aj do oblasti tzv. variantných glykopeptidov—dané molekuly sú ešte menej pravdepodobné a s ich detekciou sú spojené ďalšie problémy.
Co pro Vás toto ocenění znamená?
Že výskum, ktorému sa venujeme pôsobí zmysluplne a zároveň, že sa jeho užitočnosť podarilo odprezentovať.
Proč jste se rozhodl pro vědu? Máte nějakou vizi do budoucna?
Mám rád matematiku, chcel som zlepšiť svoje znalosti a rozhodol som sa pre doktorské štúdium na Prírodovedeckej Fakulte v Olomouci, známe pre dôraz na teóriu. Hoc moja téma bola o vývoji algoritmov v biológií, bola podstatne viac aplikovaná než som myslel. Pre potreby projektu som napísal takmer tristotisíc riadkov kódu a bolo treba vyhodnotiť desiatky terabajtov dát.
Po uzavretí projektu chcem uzavrieť doktorandské povinnosti, následne by som chcel rozbehnúť malú softvérovú spoločnosť v oblasti výuky jazykov a starať sa o chod claire.
Máte nějaké vysvětlení pro to, že přestože se naše tradiční medicína vyvíjí a je stále úspěšnější, mnoho pacientů nedůvěřuje lékařům a obrací se k šarlatánům.
Myslím, že to môže byť dôsledkom problematickosti rozhodovania sa komu, resp. čomu veriť, keďže väčšina informácií sa k nám dostáva sprostredkovane. Zároveň si myslím, že by pomohlo, keby bola všeobecne známa forma akou sa preukazuje účinnosť terapie.
Není jednoduché představit výsledky vědeckého výzkumu laické veřejnosti. Domníváte se, že se situace díky medializaci zlepšuje nebo naopak?
Myslím, že sa situácia zlepšuje. Rovnako si myslím, že by bolo dobré prezentovať jadro výskumu relatívne do hĺbky, ale takmer úplne bez termínov z danej oblasti. Zvýšená prítomnosť pojmov, pod ktorými je ťažké si niečo predstaviť, vie čitateľov odradiť a prekáža porozumeniu textu. V konečnom dôsledku je výskum financovaný práve verejnosťou a teda verejnosť má nárok na porozumenie jeho výsledkov.